Logo
  • A Molekulamodellezés és Mesterséges Intelligencia SU projekt dokumentációja
    • Tartalomjegyzék
      • Bevezetés
        • Kódpéldák
        • Parancssori (bash) utasítások
        • Bemeneti fájlok (input)
        • Kimeneti fájlok (output)
        • Megjegyzések és figyelmeztetések
        • Konvenciók összefoglalása
      • AlphaFold 3
        • Bevezetés
        • A referencia szerkezet
        • Workflow áttekintés
        • Szekvencia előkészítése
        • FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
        • Input JSON fájl létrehozása
        • Könyvtárszerkezet és futtatás
        • Output fájlok
        • A predikált szerkezet vizualizálása ChimeraX-ben
      • AMBER
        • PDB fájl beszerzése és előkészítése
        • Paraméter és koordináta fájlok generálása - LEaP
        • Energiaminimalizálás
        • A rendszer felmelegítése
        • Kiegyenlítés
        • Mintavételezési szakasz
        • Analízis: trajektória RMSD-je és hidrogénkötések számának meghatározása cpptraj-al
      • AutoDock Vina
        • Receptor előkészítése
        • Ligandum előkészítése
        • AutoGrid4 térképek előállítása (opcionális)
        • Dokkolás AutoDock Vina pontozási függvénnyel
        • Dokkolás AutoDock4 pontozási függvénnyel
        • A Vina és az AutoDock4 erőtér összehasonlítása
      • Boltz-2
        • Bevezetés
        • FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
        • Boltz-2 input létrehozása
        • A számítás futtatása
        • A futás eredményei
        • A prediktált szerkezet megjelenítése
      • A predikció összehasonlítása a kristályszerkezettel
        • Az eredmények értelmezése
        • Továbblépési lehetőségek
      • Maestro és Desmond
      • Gaussian
        • A Gaussian bemeneti állományának felépítése
        • Gaussian számítások futtatása
        • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulán
        • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
        • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TD-DFT módszerrel
        • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
        • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
        • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele SMD modellel
      • GROMACS
        • Tesztrendszer
        • A bemeneti szerkezet előkészítése
        • Topológia létrehozása
        • A rendszer dobozolása és szolvatálása
        • Ionok hozzáadása
        • Energiaminimalizálás
        • NVT kiegyenlítés
        • NPT kiegyenlítés
        • Mintavételezési szakasz
        • Analízis: backbone RMSD számolás
      • MOPAC
        • A MOPAC inputfájl felépítése
        • Tesztrendszer
        • Single-point energiaszámolás
        • Geometriaoptimalizálás
        • Frekvenciaszámítás
        • Oldószerhatás - COSMO-modell
        • Gyakran használt MOPAC kulcsszavak
      • ORCA
        • Bevezetés
        • Az ORCA input fájl felépítése
        • ORCA futtatása
        • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulában
        • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
        • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TDDFT módszerrel
        • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
        • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
        • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele ORCA segítségével
        • Példa 7 - Nagy pontosságú energia számítása DLPNO-CCSD(T) módszerrel
        • Leggyakrabban használt ORCA kulcsszavak
        • Párhuzamos futtatás és memóriahasználat
  • Molecular Modeling and Artificial Intelligence SU project documentation
    • Table of contents
      • Introduction
        • Code Examples
        • Command-Line (Bash) Instructions
        • Input Files
        • Output Files
        • Notes and Warnings
        • Summary of Conventions
      • AlphaFold 3
        • Introduction
        • Reference Structure
        • Workflow Overview
        • Sequence Preparation
        • Downloading the FASTA Sequence from the PDB Database
        • Input JSON File Creation
        • Directory Structure and Execution
        • Output Files
        • Visualizing the Predicted Structure in ChimeraX
      • AMBER
        • Obtaining and Preparing the PDB File
        • Generating Topology and Coordinate Files with LEaP
        • Energy Minimization
        • System Heating
        • Equilibration
        • Production Stage
        • Analysis: Trajectory RMSD and Hydrogen Bond Count Using cpptraj
      • AutoDock Vina
        • Receptor Preparation
        • Ligand Preparation
        • Generating AutoGrid4 Maps (Optional)
        • Docking with the AutoDock Vina Scoring Function
        • Docking with the AutoDock4 Scoring Function
        • Comparison of the Vina and AutoDock4 Force Fields
      • Boltz-2
        • Introduction
        • Downloading the FASTA Sequence from the PDB Database
        • Creating a Boltz-2 Input File
        • Running the Calculation
        • Output Files
        • Visualizing the Predicted Structure
      • Comparison of the Prediction with the Crystal Structure
        • Interpretation of the Results
        • Further Applications
      • Gaussian
        • Structure of a Gaussian Input File
        • Running Gaussian Calculations
        • Example 1: Geometry Optimization of a Water Molecule
        • Example 2 - Frequency Calculation and Thermochemistry of Ethanol
        • Example 3: UV-Vis Spectrum Calculation of Caffeine Using TD-DFT
        • Example 4: NMR Chemical Shift Calculation for Methane
        • Example 5: Transition State Search for an SN2 Reaction
        • Example 6: Accounting for Solvent Effects Using the SMD Model
      • GROMACS
        • Test System
        • Preparation of the Input Structure
        • Topology Generation
        • System Box Construction and Solvation
        • Adding Ions
        • Energy Minimization
        • NVT Equilibration
        • NPT Equilibration
        • Production Run
        • Analysis: Backbone RMSD Calculation
      • MOPAC
        • Structure of a MOPAC Input File
        • Test System
        • Single-Point Energy Calculation
        • Geometry Optimization
        • Frequency Calculation
        • Solvent Effects - COSMO Model
        • Commonly Used MOPAC Keywords
      • ORCA
        • Introduction
        • Structure of an ORCA Input File
        • Running ORCA
        • Example 1 - Geometry Optimization of a Water Molecule
        • Example 2 - Frequency Calculation and Thermochemistry of Ethanol
        • Example 3: UV-Vis Spectrum Calculation of Caffeine Using TDDFT
        • Example 4 - Calculation of NMR Chemical Shifts for Methane
        • Example 5 - Transition State Search for an SN2 Reaction
        • Example 6 - Including Solvent Effects in ORCA
        • Example 7 - High-Accuracy Energy Calculation Using DLPNO-CCSD(T)
        • Most Commonly Used ORCA Keywords
        • Parallel Execution and Memory Usage
SU documentation
  • Search

© Copyright owner: University of Pécs.

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.
🇭🇺 HU | 🇬🇧 EN