Logo
  • Bevezetés
    • Kódpéldák
    • Parancssori (bash) utasítások
    • Bemeneti fájlok (input)
    • Kimeneti fájlok (output)
    • Megjegyzések és figyelmeztetések
    • Konvenciók összefoglalása
  • AlphaFold 3
    • Bevezetés
    • A referencia szerkezet
    • Workflow áttekintés
    • Szekvencia előkészítése
    • FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
    • Input JSON fájl létrehozása
      • A JSON fájl mezőinek magyarázata
      • Komplexek modellezése
      • Fontos megjegyzések
    • Könyvtárszerkezet és futtatás
      • Könyvtárszerkezet
      • Munkakönyvtár kiválasztása
      • A bemeneti fájl ellenőrzése
      • Predikció indítása
    • Output fájlok
      • Konfidenciaértékek értelmezése
    • A predikált szerkezet vizalizálása ChimeraX-ben
      • A szerkezet megnyitása
      • A szerkezet megjelenítése
      • A predikció konfidenciájának vizsgálata
      • A grafikon értelmezése
      • A PAE és a pLDDT különbsége
      • A 2V0X homodimer esetében
      • A referencia szerkezet betöltése
      • A szerkezetek illesztése
      • Az eredmények értelmezése
      • A szerkezeti illesztés eredményének értelmezése
        • Sequence alignment score
        • Pruned atom pairs
        • RMSD a pruned atompárokra
        • RMSD az összes atompárra
        • Következtetés
  • AMBER
    • PDB fájl beszerzése és előkészítése
    • Paraméter és koordináta fájlok generálása - LEaP
    • Energiaminimalizálás
    • A rendszer felmelegítése
    • Kiegyenlítés
    • Mintavételezési szakasz
    • Analízis: trajektória RMSD-je és hidrogénkötések számának meghatározása cpptraj-al
  • AutoDock Vina
    • Receptor előkészítése
    • Ligandum előkészítése
    • AutoGrid4 térképek előállítása (opcionális)
    • Dokkolás AutoDock Vina pontozási függvénnyel
    • Dokkolás AutoDock4 pontozási függvénnyel
    • A Vina és az AutoDock4 erőtér összehasonlítása
  • Gaussian
    • A Gaussian bemeneti állományának felépítése
      • Erőforrások megadása
      • Route szekció
    • Gaussian számítások futtatása
    • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulán
    • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
    • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TD-DFT módszerrel
    • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
    • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
    • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele SMD modellel
  • GROMACS
    • Tesztrendszer
    • A bemeneti szerkezet előkészítése
    • Topológia létrehozása
    • A rendszer dobozolása és szolvatálása
    • Ionok hozzáadása
    • Energiaminimalizálás
    • NVT kiegyenlítés
    • NPT kiegyenlítés
    • Mintavételezési szakasz
    • Analízis: backbone RMSD számolás
  • MOPAC
    • A MOPAC inputfájl felépítése
    • Tesztrendszer
    • Single-point energiaszámolás
    • Geometriaoptimalizálás
    • Frekvenciaszámítás
    • Oldószerhatás - COSMO-modell
    • Gyakran használt MOPAC kulcsszavak
  • ORCA
    • Bevezetés
    • Az ORCA input fájl felépítése
      • A fájl részei
      • Input fájl elnevezése
    • ORCA futtatása
      • Output fájlok
      • A legfontosabb eredmények keresése
    • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulában
    • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
    • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TDDFT módszerrel
      • Kitekintés - Nagyobb pontosságú UV-Vis sprektrumok CASSCF módszerrel
    • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
    • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
    • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele ORCA segítségével
      • Optimalizálás vízoldatban CPCM modellel
      • Optimalizálás vízoldatban SMD modellel
      • A szolvatásció hatásának vizsgálata
    • Példa 7 - Nagy pontosságú energia számítása DLPNO-CCSD(T) módszerrel
    • Leggyakrabban használt ORCA kulcsszavak
    • Párhuzamos futtatás és memóriahasználat
SU documentation
  • Search

© Copyright owner: University of Pécs.

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.