Logo
  • Bevezetés
    • Kódpéldák
    • Parancssori (bash) utasítások
    • Bemeneti fájlok (input)
    • Kimeneti fájlok (output)
    • Megjegyzések és figyelmeztetések
    • Konvenciók összefoglalása
  • AMBER
    • PDB fájl beszerzése és előkészítése
    • Paraméter és koordináta fájlok generálása - LEaP
    • Energiaminimalizálás
    • A rendszer felmelegítése
    • Kiegyenlítés
    • Mintavételezési szakasz
    • Analízis: trajektória RMSD-je és hidrogénkötések számának meghatározása cpptraj-al
  • GROMACS
    • Tesztrendszer
    • A bemeneti szerkezet előkészítése
    • Topológia létrehozása
    • A rendszer dobozolása és szolvatálása
    • Ionok hozzáadása
    • Energiaminimalizálás
    • NVT kiegyenlítés
    • NPT kiegyenlítés
    • Mintavételezési szakasz
    • Analízis: backbone RMSD számolás
  • MOPAC
    • A MOPAC inputfájl felépítése
    • Tesztrendszer
    • Single-point energiaszámolás
    • Geometriaoptimalizálás
    • Frekvenciaszámítás
    • Oldószerhatás - COSMO-modell
    • Gyakran használt MOPAC kulcsszavak
SU documentation
  • Search

© Copyright owner: University of Pécs.

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.