A Molekulamodellezés és Mesterséges Intelligencia SU projekt dokumentációja

Ez a dokumentáció az SU projekt keretei kötött telepített molekulamodellező és szimulációs programcsomagok használatához készült. A célja, hogy átfogó, mégis gyakorlatorientált útmutatót adjon a felhasználóknak.

Tartalomjegyzék

• Bevezetés
  • Kódpéldák
  • Parancssori (bash) utasítások
  • Bemeneti fájlok (input)
  • Kimeneti fájlok (output)
  • Megjegyzések és figyelmeztetések
  • Konvenciók összefoglalása
• AlphaFold 3
  • Bevezetés
  • A referencia szerkezet
  • Workflow áttekintés
  • Szekvencia előkészítése
  • FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
  • Input JSON fájl létrehozása
  • Könyvtárszerkezet és futtatás
  • Output fájlok
  • A predikált szerkezet vizalizálása ChimeraX-ben
• AMBER
  • PDB fájl beszerzése és előkészítése
  • Paraméter és koordináta fájlok generálása - LEaP
  • Energiaminimalizálás
  • A rendszer felmelegítése
  • Kiegyenlítés
  • Mintavételezési szakasz
  • Analízis: trajektória RMSD-je és hidrogénkötések számának meghatározása cpptraj-al
• AutoDock Vina
  • Receptor előkészítése
  • Ligandum előkészítése
  • AutoGrid4 térképek előállítása (opcionális)
  • Dokkolás AutoDock Vina pontozási függvénnyel
  • Dokkolás AutoDock4 pontozási függvénnyel
  • A Vina és az AutoDock4 erőtér összehasonlítása
• Gaussian
  • A Gaussian bemeneti állományának felépítése
  • Gaussian számítások futtatása
  • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulán
  • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
  • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TD-DFT módszerrel
  • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
  • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
  • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele SMD modellel
• GROMACS
  • Tesztrendszer
  • A bemeneti szerkezet előkészítése
  • Topológia létrehozása
  • A rendszer dobozolása és szolvatálása
  • Ionok hozzáadása
  • Energiaminimalizálás
  • NVT kiegyenlítés
  • NPT kiegyenlítés
  • Mintavételezési szakasz
  • Analízis: backbone RMSD számolás
• MOPAC
  • A MOPAC inputfájl felépítése
  • Tesztrendszer
  • Single-point energiaszámolás
  • Geometriaoptimalizálás
  • Frekvenciaszámítás
  • Oldószerhatás - COSMO-modell
  • Gyakran használt MOPAC kulcsszavak
• ORCA
  • Bevezetés
  • Az ORCA input fájl felépítése
  • ORCA futtatása
  • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulában
  • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
  • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TDDFT módszerrel
  • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
  • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
  • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele ORCA segítségével
  • Példa 7 - Nagy pontosságú energia számítása DLPNO-CCSD(T) módszerrel
  • Leggyakrabban használt ORCA kulcsszavak
  • Párhuzamos futtatás és memóriahasználat