A Molekulamodellezés és Mesterséges Intelligencia SU projekt dokumentációja

Ez a dokumentáció az SU projekt keretei kötött telepített molekulamodellező és szimulációs programcsomagok használatához készült. A célja, hogy átfogó, mégis gyakorlatorientált útmutatót adjon a felhasználóknak.

Tartalomjegyzék

• Bevezetés
  • Kódpéldák
  • Parancssori (bash) utasítások
  • Bemeneti fájlok (input)
  • Kimeneti fájlok (output)
  • Megjegyzések és figyelmeztetések
  • Konvenciók összefoglalása
• AMBER
  • PDB fájl beszerzése és előkészítése
  • Paraméter és koordináta fájlok generálása - LEaP
  • Energiaminimalizálás
  • A rendszer felmelegítése
  • Kiegyenlítés
  • Mintavételezési szakasz
  • Analízis: trajektória RMSD-je és hidrogénkötések számának meghatározása cpptraj-al
• GROMACS
  • Tesztrendszer
  • A bemeneti szerkezet előkészítése
  • Topológia létrehozása
  • A rendszer dobozolása és szolvatálása
  • Ionok hozzáadása
  • Energiaminimalizálás
  • NVT kiegyenlítés
  • NPT kiegyenlítés
  • Mintavételezési szakasz
  • Analízis: backbone RMSD számolás
• MOPAC
  • A MOPAC inputfájl felépítése
  • Tesztrendszer
  • Single-point energiaszámolás
  • Geometriaoptimalizálás
  • Frekvenciaszámítás
  • Oldószerhatás - COSMO-modell
  • Gyakran használt MOPAC kulcsszavak