A Molekulamodellezés és Mesterséges Intelligencia SU projekt dokumentációja
Tartalomjegyzék
Bevezetés
Kódpéldák
Parancssori (bash) utasítások
Bemeneti fájlok (input)
Kimeneti fájlok (output)
Megjegyzések és figyelmeztetések
Konvenciók összefoglalása
AlphaFold 3
Bevezetés
A referencia szerkezet
Workflow áttekintés
Szekvencia előkészítése
FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
Input JSON fájl létrehozása
Könyvtárszerkezet és futtatás
Output fájlok
A predikált szerkezet vizualizálása ChimeraX-ben
AMBER
PDB fájl beszerzése és előkészítése
Paraméter és koordináta fájlok generálása - LEaP
Energiaminimalizálás
A rendszer felmelegítése
Kiegyenlítés
Mintavételezési szakasz
Analízis: trajektória RMSD-je és hidrogénkötések számának meghatározása
cpptraj
-al
AutoDock Vina
Receptor előkészítése
Ligandum előkészítése
AutoGrid4 térképek előállítása (opcionális)
Dokkolás AutoDock Vina pontozási függvénnyel
Dokkolás AutoDock4 pontozási függvénnyel
A Vina és az AutoDock4 erőtér összehasonlítása
Boltz-2
Bevezetés
FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
Boltz-2 input létrehozása
A számítás futtatása
A futás eredményei
A prediktált szerkezet megjelenítése
A predikció összehasonlítása a kristályszerkezettel
Az eredmények értelmezése
Továbblépési lehetőségek
Maestro és Desmond
Gaussian
A Gaussian bemeneti állományának felépítése
Gaussian számítások futtatása
Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulán
Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TD-DFT módszerrel
Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele SMD modellel
GROMACS
Tesztrendszer
A bemeneti szerkezet előkészítése
Topológia létrehozása
A rendszer dobozolása és szolvatálása
Ionok hozzáadása
Energiaminimalizálás
NVT kiegyenlítés
NPT kiegyenlítés
Mintavételezési szakasz
Analízis: backbone RMSD számolás
MOPAC
A MOPAC inputfájl felépítése
Tesztrendszer
Single-point energiaszámolás
Geometriaoptimalizálás
Frekvenciaszámítás
Oldószerhatás - COSMO-modell
Gyakran használt MOPAC kulcsszavak
ORCA
Bevezetés
Az ORCA input fájl felépítése
ORCA futtatása
Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulában
Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TDDFT módszerrel
Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele ORCA segítségével
Példa 7 - Nagy pontosságú energia számítása DLPNO-CCSD(T) módszerrel
Leggyakrabban használt ORCA kulcsszavak
Párhuzamos futtatás és memóriahasználat
Molecular Modeling and Artificial Intelligence SU project documentation
Table of contents
Introduction
Code Examples
Command-Line (Bash) Instructions
Input Files
Output Files
Notes and Warnings
Summary of Conventions
AlphaFold 3
Introduction
Reference Structure
Workflow Overview
Sequence Preparation
Downloading the FASTA Sequence from the PDB Database
Input JSON File Creation
Directory Structure and Execution
Output Files
Visualizing the Predicted Structure in ChimeraX
AMBER
Obtaining and Preparing the PDB File
Generating Topology and Coordinate Files with LEaP
Energy Minimization
System Heating
Equilibration
Production Stage
Analysis: Trajectory RMSD and Hydrogen Bond Count Using
cpptraj
AutoDock Vina
Receptor Preparation
Ligand Preparation
Generating AutoGrid4 Maps (Optional)
Docking with the AutoDock Vina Scoring Function
Docking with the AutoDock4 Scoring Function
Comparison of the Vina and AutoDock4 Force Fields
Boltz-2
Introduction
Downloading the FASTA Sequence from the PDB Database
Creating a Boltz-2 Input File
Running the Calculation
Output Files
Visualizing the Predicted Structure
Comparison of the Prediction with the Crystal Structure
Interpretation of the Results
Further Applications
Gaussian
Structure of a Gaussian Input File
Running Gaussian Calculations
Example 1: Geometry Optimization of a Water Molecule
Example 2 - Frequency Calculation and Thermochemistry of Ethanol
Example 3: UV-Vis Spectrum Calculation of Caffeine Using TD-DFT
Example 4: NMR Chemical Shift Calculation for Methane
Example 5: Transition State Search for an SN2 Reaction
Example 6: Accounting for Solvent Effects Using the SMD Model
GROMACS
Test System
Preparation of the Input Structure
Topology Generation
System Box Construction and Solvation
Adding Ions
Energy Minimization
NVT Equilibration
NPT Equilibration
Production Run
Analysis: Backbone RMSD Calculation
MOPAC
Structure of a MOPAC Input File
Test System
Single-Point Energy Calculation
Geometry Optimization
Frequency Calculation
Solvent Effects - COSMO Model
Commonly Used MOPAC Keywords
ORCA
Introduction
Structure of an ORCA Input File
Running ORCA
Example 1 - Geometry Optimization of a Water Molecule
Example 2 - Frequency Calculation and Thermochemistry of Ethanol
Example 3: UV-Vis Spectrum Calculation of Caffeine Using TDDFT
Example 4 - Calculation of NMR Chemical Shifts for Methane
Example 5 - Transition State Search for an SN2 Reaction
Example 6 - Including Solvent Effects in ORCA
Example 7 - High-Accuracy Energy Calculation Using DLPNO-CCSD(T)
Most Commonly Used ORCA Keywords
Parallel Execution and Memory Usage
SU documentation
Index
Index
🇭🇺 HU
|
🇬🇧 EN