• A Molekulamodellezés és Mesterséges Intelligencia SU projekt dokumentációja
  • Tartalomjegyzék
    • Bevezetés
      • Kódpéldák
      • Parancssori (bash) utasítások
      • Bemeneti fájlok (input)
      • Kimeneti fájlok (output)
      • Megjegyzések és figyelmeztetések
      • Konvenciók összefoglalása
    • AlphaFold 3
      • Bevezetés
      • A referencia szerkezet
      • Workflow áttekintés
      • Szekvencia előkészítése
      • FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
      • Input JSON fájl létrehozása
        • A JSON fájl mezőinek magyarázata
        • Komplexek modellezése
        • Fontos megjegyzések
      • Könyvtárszerkezet és futtatás
        • Könyvtárszerkezet
        • Munkakönyvtár kiválasztása
        • A bemeneti fájl ellenőrzése
        • Predikció indítása
      • Output fájlok
        • Konfidenciaértékek értelmezése
      • A predikált szerkezet vizualizálása ChimeraX-ben
        • A szerkezet megnyitása
        • A szerkezet megjelenítése
        • A predikció konfidenciájának vizsgálata
        • A grafikon értelmezése
        • A PAE és a pLDDT különbsége
        • A 2V0X homodimer esetében
        • A referencia szerkezet betöltése
        • A szerkezetek illesztése
        • Az eredmények értelmezése
        • A szerkezeti illesztés eredményének értelmezése
          • Sequence alignment score
          • Pruned atom pairs
          • RMSD a pruned atompárokra
          • RMSD az összes atompárra
          • Következtetés
    • AMBER
      • PDB fájl beszerzése és előkészítése
      • Paraméter és koordináta fájlok generálása - LEaP
      • Energiaminimalizálás
      • A rendszer felmelegítése
      • Kiegyenlítés
      • Mintavételezési szakasz
      • Analízis: trajektória RMSD-je és hidrogénkötések számának meghatározása cpptraj-al
    • AutoDock Vina
      • Receptor előkészítése
      • Ligandum előkészítése
      • AutoGrid4 térképek előállítása (opcionális)
      • Dokkolás AutoDock Vina pontozási függvénnyel
      • Dokkolás AutoDock4 pontozási függvénnyel
      • A Vina és az AutoDock4 erőtér összehasonlítása
    • Boltz-2
      • Bevezetés
      • FASTA szekvencia letöltése a PDB adatbázisból
      • Boltz-2 input létrehozása
      • A számítás futtatása
      • A futás eredményei
      • A prediktált szerkezet megjelenítése
        • A predikció konfidenciájának vizsgálata
        • A grafikon értelmezése
        • A PAE és a pLDDT különbsége
    • A predikció összehasonlítása a kristályszerkezettel
      • Az eredmények értelmezése
      • Továbblépési lehetőségek
        • Több fehérjeláncból álló komplexek
        • Fehérje-ligand komplexek
        • Nukleinsavakat tartalmazó rendszerek
        • Fehérje-DNS komplex
        • Fehérje–ligand–ion rendszerek
        • Kovalensen kötött ligandok
        • Összetett rendszerek
    • Maestro és Desmond
    • Gaussian
      • A Gaussian bemeneti állományának felépítése
        • Erőforrások megadása
        • Route szekció
      • Gaussian számítások futtatása
      • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulán
      • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
      • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TD-DFT módszerrel
      • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
      • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
      • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele SMD modellel
    • GROMACS
      • Tesztrendszer
      • A bemeneti szerkezet előkészítése
      • Topológia létrehozása
      • A rendszer dobozolása és szolvatálása
      • Ionok hozzáadása
      • Energiaminimalizálás
      • NVT kiegyenlítés
      • NPT kiegyenlítés
      • Mintavételezési szakasz
      • Analízis: backbone RMSD számolás
    • MOPAC
      • A MOPAC inputfájl felépítése
      • Tesztrendszer
      • Single-point energiaszámolás
      • Geometriaoptimalizálás
      • Frekvenciaszámítás
      • Oldószerhatás - COSMO-modell
      • Gyakran használt MOPAC kulcsszavak
    • ORCA
      • Bevezetés
      • Az ORCA input fájl felépítése
        • A fájl részei
        • Input fájl elnevezése
      • ORCA futtatása
        • Output fájlok
        • A legfontosabb eredmények keresése
      • Példa 1 - Geometriaoptimalizálás vízmolekulában
      • Példa 2 - Frekvenciaszámítás és termokémia etalonon
      • Példa 3 - UV-Vis spektrum számítása koffeinen TDDFT módszerrel
        • Kitekintés - Nagyobb pontosságú UV-Vis sprektrumok CASSCF módszerrel
      • Példa 4 - NMR kémiai eltolódások számítása metánon
      • Példa 5 - Átmeneti állapot keresés SN2 reakcióban
      • Példa 6 - Oldószerhatások figyelembevétele ORCA segítségével
        • Optimalizálás vízoldatban CPCM modellel
        • Optimalizálás vízoldatban SMD modellel
        • A szolvatásció hatásának vizsgálata
      • Példa 7 - Nagy pontosságú energia számítása DLPNO-CCSD(T) módszerrel
      • Leggyakrabban használt ORCA kulcsszavak
      • Párhuzamos futtatás és memóriahasználat
• Molecular Modeling and Artificial Intelligence SU project documentation
  • Table of contents
    • Introduction
      • Code Examples
      • Command-Line (Bash) Instructions
      • Input Files
      • Output Files
      • Notes and Warnings
      • Summary of Conventions
    • AlphaFold 3
      • Introduction
      • Reference Structure
      • Workflow Overview
      • Sequence Preparation
      • Downloading the FASTA Sequence from the PDB Database
      • Input JSON File Creation
        • Explanation of JSON Fields
        • Modeling Complexes
        • Important Notes
      • Directory Structure and Execution
        • Directory Structure
        • Selecting the Working Directory
        • Verifying the Input File
        • Running the Prediction
      • Output Files
        • Interpreting Confidence Metrics
      • Visualizing the Predicted Structure in ChimeraX
        • Opening the Structure
        • Displaying the Structure
        • Examining Prediction Confidence
        • Interpreting the Plot
        • Difference Between PAE and pLDDT
        • The Case of the 2V0X Homodimer
        • Loading the Reference Structure
        • Aligning the Structures
        • Interpreting the Results
        • Interpreting the Structural Alignment Results
          • Sequence Alignment Score
          • Pruned Atom Pairs
          • RMSD for Pruned Atom Pairs
          • RMSD for All Atom Pairs
          • Conclusion
    • AMBER
      • Obtaining and Preparing the PDB File
      • Generating Topology and Coordinate Files with LEaP
      • Energy Minimization
      • System Heating
      • Equilibration
      • Production Stage
      • Analysis: Trajectory RMSD and Hydrogen Bond Count Using cpptraj
    • AutoDock Vina
      • Receptor Preparation
      • Ligand Preparation
      • Generating AutoGrid4 Maps (Optional)
      • Docking with the AutoDock Vina Scoring Function
      • Docking with the AutoDock4 Scoring Function
      • Comparison of the Vina and AutoDock4 Force Fields
    • Boltz-2
      • Introduction
      • Downloading the FASTA Sequence from the PDB Database
      • Creating a Boltz-2 Input File
      • Running the Calculation
      • Output Files
      • Visualizing the Predicted Structure
        • Assessing Prediction Confidence
        • Interpreting the Plot
        • The Difference Between PAE and pLDDT
    • Comparison of the Prediction with the Crystal Structure
      • Interpretation of the Results
      • Further Applications
        • Protein Complexes Containing Multiple Chains
        • Protein-Ligand Complexes
        • Systems Containing Nucleic Acids
        • Single-Stranded DNA Example
        • Single-Stranded RNA Example
        • Protein-DNA Complex
        • Protein-Ligand-Ion Systems
        • Covalently Bound Ligands
        • Complex Systems
    • Gaussian
      • Structure of a Gaussian Input File
        • Resource Specifications
        • Route Section
      • Running Gaussian Calculations
      • Example 1: Geometry Optimization of a Water Molecule
      • Example 2 - Frequency Calculation and Thermochemistry of Ethanol
      • Example 3: UV-Vis Spectrum Calculation of Caffeine Using TD-DFT
      • Example 4: NMR Chemical Shift Calculation for Methane
      • Example 5: Transition State Search for an SN2 Reaction
      • Example 6: Accounting for Solvent Effects Using the SMD Model
    • GROMACS
      • Test System
      • Preparation of the Input Structure
      • Topology Generation
      • System Box Construction and Solvation
      • Adding Ions
      • Energy Minimization
      • NVT Equilibration
      • NPT Equilibration
      • Production Run
      • Analysis: Backbone RMSD Calculation
    • MOPAC
      • Structure of a MOPAC Input File
      • Test System
      • Single-Point Energy Calculation
      • Geometry Optimization
      • Frequency Calculation
      • Solvent Effects - COSMO Model
      • Commonly Used MOPAC Keywords
    • ORCA
      • Introduction
      • Structure of an ORCA Input File
        • Components of the Input File
        • Input File Naming Convention
      • Running ORCA
        • Output Files
        • Finding the Most Important Results
      • Example 1 - Geometry Optimization of a Water Molecule
      • Example 2 - Frequency Calculation and Thermochemistry of Ethanol
      • Example 3: UV-Vis Spectrum Calculation of Caffeine Using TDDFT
        • Outlook: Higher-Accuracy UV-Vis Spectra Using the CASSCF Method
      • Example 4 - Calculation of NMR Chemical Shifts for Methane
      • Example 5 - Transition State Search for an SN2 Reaction
      • Example 6 - Including Solvent Effects in ORCA
        • Optimization in Aqueous Solution Using the CPCM Model
        • Optimization in Aqueous Solution Using the SMD Model
        • Investigation of Solvation Effects
      • Example 7 - High-Accuracy Energy Calculation Using DLPNO-CCSD(T)
      • Most Commonly Used ORCA Keywords
        • Basis Sets
        • Popular DFT Functionals
        • Dispersion Corrections
        • Solvent Models
      • Parallel Execution and Memory Usage