import matplotlib.pyplot as plt

# Beolvassuk az RMSD adatot
frames = []
rmsd = []

with open("rmsd.dat") as f:
    for line in f:
        if line.strip() and not line.startswith("#"):  # kihagyjuk a kommenteket
            parts = line.split()
            frames.append(int(parts[0]))
            rmsd.append(float(parts[1]))

# Plot készítése
plt.figure(figsize=(8,5))
plt.plot(frames, rmsd, color='blue', linewidth=2)
plt.xlabel("Frame")
plt.ylabel("RMSD [Å]")
plt.title("TBA tetrad RMSD during MD simulation")
plt.grid(True)
plt.tight_layout()
plt.savefig("rmsd_tetrad_plot_2.png", dpi=300)  # elmentjük képként
plt.show()