parm 1RDE.prmtop
trajin 4_MD_autoimaged.nc

# Hoogsteen H-bonds between G-tetrad guanines only
hbond Hoogsteen_hbonds \
  donormask :1-2,5-6,10-11,14-15 \
  acceptormask :1-2,5-6,10-11,14-15@N7,O6 \
  dist 3 \
  angle 150 \
  out hbond_hoogsteen.dat \
  avgout hbond_hoogsteen_avg.dat 

run